1994-1999 занимал руководящие должности на предприятиях металлургической и нефтегазовой отраслей
С декабря 1993 по декабрь 1996 — менеджер АОЗТ «Алинвест»
С января 1997 по апрель 1998 — главный специалист по медесодержащему сырью ООО «Рускабель»
С ноября 1997 по март 1999 — коммерческий директор ООО «Продконтракт»
С августа 1999 по февраль 2000 — коммерческий директор ООО «Метек»
В феврале 2000 был избран членом наблюдательного совета МДМ-банка. Старший советник председателя правления АКБ «МДМ-Банк»
С марта 2000 — президент управляющей компании «Трастпромхолдинг», созданной МДМ-банком для управления активами
С мая 2000 — президент Группы МДМ
17 апреля 2002 был избран председателем совета директоров Группы МДМ
С мая 2003 — член Совета директоров РАО «ЕЭС России»
С февраля 2005 — член Совета директоров ОАО «СУЭК»
До июня 2005 был членом Совета директоров ЗАО «Трубная металлургическая компания»
В феврале 2009 журнал «Финанс» опубликовал новый рейтинг российских миллиардеров. Попов занял в нем 48-е место: журнал оценил его состояние в 1 миллиард долларов, т.е., по подсчетам «Финанса», он потерял за год около 8 млрд
Сергей Попов входит в список самых неизвестных миллиардеров. Несмотря на то, что все-таки больший интерес представляют глобальные миллиардеры, чьи имена и фамилии известны всем и каждому, а скандальные (и не очень) истории описаны чуть ли не всяким популярным изданием СМИ, информационный спрос на персоны богатые, но малоизвестные, неуклонно растет.
Сергей — один из таких. Его состояние – по данным издания Форбс – оценивается приблизительно в 3 миллиарда долларов.
В настоящее время Сергей Попов работает в Соединенных Штатах, исследуя методы лечения, и защищая людей от опасного биологического оружия, а также — естественных болезней. В течение почти 20-ти лет он был одним из главных ученых бывшего Советского Союза в данной области.
Сергей превосходный специалист в области биологического оружия. Теперь он изучает его со всех точек зрения. Он считает, что самая важная вещь — знание — знание того, как сделать определенную биологическую силу действенной, как предоставлять ей достаточную жизнеспособность и где применить. Все это что было и остается предметом очень интенсивного исследования. Во все времена изучение данных вопросов являлось чрезвычайно секретным (особенно в некоторых государствам).
Первоначально Сергей трудился (еще в бывшем СССР) над производством синтетических генов. Это означало, что он создавал генетические конструкции, которые не существовали в природе. Смысл этой деятельности состоял в том, чтобы впоследствии предоставлять бактериям и вирусам возможность действовать в не свойственной им среде.
Самым успешным исследованием Сергея было изучение бактерии по имени Legionella, которая в результате ее модификации может вызывать серьезные болезни нервной системы (и множества нервных расстройств, таких как рассеянный склероз).
В настоящее время Сергей работает над изучением средств защиты от современных страшнейших бактериологических средств воздействия на человека. Сегодня, несмотря на существование и без того ужасных болезней (таких как чума, сибирская язва и множество прочих), появляется все большее число новых – еще более опасных – бактерий и вирусов, потенциальная сила которых гораздо существеннее.
Сергей приехал в Соединенные Штаты в 1992 году для того, чтобы произвести некоторые биологические исследования в области иммунологии в медицинском центре Техаса. После – он остался в стране и по сей день работает там, еще глубже изучая данную область.